L’association a été créée en 1979 par des riverains des rivières et cours d’eau de France soucieux de la préservation des écosystèmes aquatiques et des sites des vallées et zones humides.

Elle rassemble des associations, des sociétés et des syndicats de riverains dans les bassins hydrographiques, des usiniers et des adhérents individuels, personne physique ou morale assujettie aux impôts fonciers pour une ou des parcelles situées dans le lit mineur ou le lit majeur d’un cours d’eau. Est également riverain, la personne acquittant la taxe d’habitation pour un logement jouxtant immédiatement un cours d’eau, canal, lac ou plan d’eau dont il subit directement les influences.

Cette association a pour objet l’établissement d’un centre d’action destiné à faciliter les rapports des riverains entre eux, l’étude de leurs intérêts communs et la défense de leurs droits dans une gestion équilibrée de l’eau : la préservation des écosystèmes aquatiques et des sites des vallées et zones humides et la réalisation de travaux d’intérêt collectif ou d’entraide en suscitant la création d’associations.

Depuis 1977, la FFAM consacre toute son énergie à la connaissance et à la sauvegarde du 3e patrimoine de France. La fédération rassemble un réseau national de 100 associations et 10 000 adhérents.

Ses actions principales consistent à "animer les moulins pour mieux les faire connaitre, agir pour leur sauvegarde, diffuser la connaissance d’un patrimoine dont l’origine remonte à l’époque gallo-romaine, et aux atouts énergétiques, touristiques, économiques, écologiques qui en font un outil d’avenir notamment pour nos territoires ruraux…. Un potentiel d’énergie renouvelable : les moulins représentent un potentiel de centaines de mégawatts pour la transition énergétique, potentiel qu’il convient de valoriser plutôt que de détruire."

La FDMF est l'autre fédération nationale qui s'attache à la préservation des moulins.

Elle regroupe des associations indépendantes, régies par la loi de 1901, dont l’objet principal est l’étude, la sauvegarde, la défense, la restauration, la valorisation, la pérennité des moulins à vent, à eau, à manège, des éoliennes et tous les biens meubles et immeubles liés à leurs animations. Elle regroupe des associations régionales, départementales et locales ainsi que des organismes publics et privés répartis sur le territoire français métropolitain et d’outre-mer, des membres individuels de France et d'Europe et des entreprises.

La fédération est à l'initiative des Journées Européennes des Moulins et du Patrimoine Meulier. le troisième week-end de mai en partenariat avec l'association européenne Moleriae.

Fondée en octobre 1982, l'Association Rivières et Acteurs des Moulins de Basse-Normandie et d'Ille-et-Vilaine (ARAM) rassemble les acteurs des moulins à vent et à eau des trois départements bas-normands ainsi que le département de l'Ille-et-Vilaine. Elle réunit à ce jour plus de 200 membres.